1.简介
HUMAnN3(Human Microbiome Project Unified Metabolic Analysis Network3)是用于宏基因组学和宏转录组学分析的工具套件,旨在对微生物群落的功能进行研究。HUMAnN3是HUMAnN工具的第三个主要版本,用于研究宏基因组和宏转录组数据中的微生物和宿主互动、代谢通路、功能注释等方面。
2.HUMAnN3功能
功能丰度分析:HUMAnN3可以估计微生物群落中不同代谢通路和基因的相对丰度,从而帮助研究人员了解微生物群落的功能潜力
宿主-微生物互动研究:HUMAnN3允许研究人员探索宿主与微生物之间的相互作用,包括代谢产物的交换和共生关系
通路注释:工具可以将测序数据与参考数据库比对,以注释代谢通路和功能基因
多样性分析:HUMAnN3还可以进行微生物群落的多样性分析
3.安装HUMAnN3
下载: wget -c ftp://download.nmdc.cn/tools/conda/humann3.tar.gz
创建conda虚拟环境目录:mkdir -p ~/miniconda3/envs/humann3
解压工具包:tar -xvzf humann3.tar.gz -C ~/miniconda3/envs/humann3
启动环境:conda activate humann3
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